京都医療少年院は京都府宇治市にあり、全国に4箇所しかない医療少年院のうちの1つで、西日本における少年院の医療センターとして、男子および女子を収容する医療専門の施設です。24時間体制での医療や看護など充実した医療体制で疾病などの治療を行うとともに、非行に関わる態度や行動上の問題の改善を図り、心身ともに健康な若者を育成するための矯正教育を実施します。医療少年院は全国に4カ所しかなく、東日本は関東医療少年院と神奈川医療少年院、西日本は宮川医療少年院と京都医療少年院があります。（そのほか、中津少年学院も医療少年院としての設備を持っています。）

心身の著しい故障とは、身体的・精神的なケガや病気はもちろん、身体障害者や知的障害者、および精神的な情緒不安定者も含まれます。医療少年院では、そういった少年に専門的治療を施しながら、健全な社会生活に再適応・社会復帰させるための特別な矯正教育を実施します。また、専門医による医療的処置と並行して、生活指導・職業指導などの、通常の少年院で行われる教育も実施されますし、養護学校などと同様な特殊教育も行います。

関東医療少年院と京都医療少年院は、医療法上の「病院」に該当し、精神科、内科、外科、整形外科、産婦人科、泌尿器科、眼科、耳鼻科などの全ての科が備わっており、国内でも精神医療分野のトップレベルの医師がそろっています。少年院であるとともに、身体疾患者・身体障害者・精神病などの心身に欠陥や病気のある少年を治療するための病院でもあるのです